巧克力囊肿会造成腰疼。巧克力囊肿实际叫卵巢的炎症性囊肿，是子宫内膜异位的囊肿，往往是有炎症，可以造成输卵管和卵巢以及子宫粘连，粘在一起以后就会压迫神经造成腰疼，有的人还会造成肛门的坠痛、肚子疼等。压迫和粘连到哪里就会造成哪里的症状，所以腰疼的症状在巧克力囊肿患者中是非常常见的，这种疼痛往往累了以后或者着凉以后就会更加明显。有的人一同房就会特别疼，造成恐惧和惧怕性生活，对夫妻感情影响也非常大。
所以卵巢的巧克力囊肿虽然大部分是良性的，也不是真正的肿瘤，但是它的痛苦和造成的身体伤害非常大，而且往往还会造成不孕症。巧克力囊肿即使是吃药，有时候可能会缓解，但是也很快可能复发，甚至手术以后也可能再次复发，是非常棘手的、慢性的、长期存在的疾病。