明目地黄丸建议饭前服用，中医认为补益药应饭前服用，以保证胃气最大程度消化和提取药性、药力补养身体。如果饭后服药大量胃气消化食物而不是药物，药效可能出现浪费，因此建议饭前服用补益药物，避免浪费药效。
对于胃病患者、平时脾胃功能较差者，建议饭后服用明目地黄丸，以减少药物对胃部的刺激性，减少副作用。胃病患者对食物或药物刺激性比较敏感，明目地黄丸虽是补益药，但含有滋补性成分。如地黄就是较滋腻中药，对胃部刺激性比较明显，同时含有石决明贝壳类中药，对胃部也有一定刺激性。另外，如果 明目地黄丸以大蜜丸形式给药，药粉直接与蜂蜜搅拌在一起入药，而不是先有药材的水煎液，然后做成颗粒剂，原药粉直接入药也会增加胃部刺激性。