体外冲击波碎石对肾脏的功能存在客观影响，但总体影响有限。对于部分肾结石的患者，需要进行体外冲击波碎石，如果数量、次数较少，影响通常可以忽略不计。
但对于经常、反复性，进行体外冲击波碎石治疗的患者而言，冲击波本身也可导致肾脏实质的功能性损害，其损害原因主要在于会引起缺血再灌注，也就是当冲击波击打到肾脏实质表面时，可导致肾脏实质内部的毛细血管、小血管收缩，这一瞬间肾脏处于一种缺血状态。
当冲击波打完后，血管会重新恢复供血，此过程叫做再灌注。如此往复，每次体外冲击波碎石，冲击波频率大概为2500-3400次，这种情况下有时反复的缺血再灌注损伤， 可对肾脏功能造成影响，尤其从长期随诊的角度而言，可能会出现肾脏的纤维化、肾脏功能损害等问题。