胚胎停止发育常通过B超检查子宫中胚胎发育情况进行判断，具体如下：
1、做B超时根据停经日期、孕周天数判断胚胎生长发育情况，如孕囊大小、胚芽大小、有无原始心管搏动。孕7周时能看到胎心搏动，如果孕妇空孕囊，可继续观察，如果孕8-9周时仍是空孕囊，可以诊断胚胎停止发育；
2、通过检测HCG、雌激素、孕酮观察胚胎的发育情况，大多育龄妇女孕期HCG增长，有一定的翻倍规律，可以过监测HCG水平观察胚胎发育。孕酮低时及时补充孕酮，例如育龄女性孕7周时，HCG已经增长到40000mIU/ml多，1周后再查血HCG，一下跌到20000-30000mIU/ml，同时超声无原始心管搏动，即诊断胚胎停止发育。
胚胎停止发育后应该选择终止妊娠，不能盲目继续观察。终止妊娠后需对胚胎进行遗传学检查，下次妊娠时，根据胚胎染色体是否异常决定是否保胎以及保胎方案。如果染色体正常，再次妊娠时一定要全面检查、治疗。
如果染色体异常，属优胜劣汰，胚胎停止发育是自然选择的过程。但患者HCG翻倍会有个体差异，所以部分月经规律的女性停经40天时HCG上万，也有保胎孕妇HCG只达到3000-4000mIU/ml，甚至900mIU/ml。后期观察中发现超声提示胎儿在慢慢生长，此时可以认为胚胎着床晚，甚至胚胎在子宫中游动时间相对较长，所以观察时间稍微长些，尤其怀孕困难，采用试管移植的女性，观察时间有限，不能盲目长期等待，因为长期等待会引起胚胎在子宫内膜中机化，造成后期胎停，诊断明确以后发生流产时清宫不干净或者流产不完全，对女性造成更大的伤害。