根尖囊肿手术后局部会有肿胀反应，根尖囊肿的手术局部一般都会有肿胀，一般1周左右就会消退。若是用微创手术，如显微根尖手术可能3-5天就会消退。但牙槽骨完全恢复则需要3-6个月，并且还需通过X线片确认残余骨腔是否被牙骨质填充。此外，整个根尖囊肿手术的恢复大约要1年。
因此，患者不要着急，术后一定要保证口腔卫生、清洁，而且要正确用药、正确饮食，如避免辛辣刺激的食物、多补充维生素、不要吃过硬的食物等，因为过硬的、辛辣刺激的食物会刺激黏膜。遵循上述事项有助于消除肿胀以及手术切口愈合。一般在术后7-10天医生会要求患者拆线，此时还需再次进行检查。