多数肝多发囊肿不会发生癌变，少数囊肿本身就是肿瘤性囊肿，有可能发生癌变。肝脏囊肿从定义上区分，可分为单纯性囊肿、寄生虫性囊肿、肿瘤性囊肿。从目前临床经验看来，单纯性囊肿、寄生虫性囊肿及潴留性囊肿一般不会发生癌变，虽可能会增大、增多，但对于身体的影响较为有限。
少数患者囊肿本身为肿瘤性囊肿，即本身可能是相对恶性度低的囊腺瘤，但随着肿瘤发展可能会癌变，最终演变成囊腺癌。故临床上对于肝脏多发囊肿患者，应通过积极影像学检查对囊肿进行评估。怀疑是囊腺瘤的患者应进行积极处理，避免发生囊肿癌变的情况。 而影像明确诊断的单纯性囊肿患者可进行长期观察，通常不会造成严重影响。