支原体与一般的细菌不同，支原体感染为一种自限性疾病，多数患儿可自愈。部分患儿支原体感染后仍咳嗽、发烧，需进行药物治疗，绝大多数患儿7-10天内可治愈，少数患儿病情严重，会持续发烧1周，甚至2周，需使用抗支原体药物，阿奇霉素或红霉素等大环内酯类药物较为有效。
若患儿持续发烧时间较长，还需考虑其他原因，如支原体感染后过度炎症反应，需应用抗炎药物与激素。若支原体感染后合并细菌感染，需加用抗细菌药物。若支原体感染引起肺炎后存在其他并发症或合并症，如胸腔积液，需针对胸腔积液进行处理。
若支原体感染后患儿持续咳嗽、发烧不退，要由医生进行处理，绝大多数患儿在7-10天，1周左右可治愈。