胆肠吻合术也是比较大的手术，恢复的时间相对会比较长。吻合口瘘常见发生时间为3-6天，在6天以后出现吻合口瘘可能性比较小，最快的恢复时间至少也要一周以上。因为往往手术比较大，特别是年纪比较大的病人，恢复时间通常要10天以上。但是现在很多手术都是微创手术，包括复杂的胆道手术、胰腺手术，甚至胆道肿瘤手术。
微创手术非常大的优势是病人可以早期活动，恢复比较快。所以现在很多胆肠吻合的手术，部分病人一周之内就可以恢复，最快可能5-6天可以达到出院的标准。胆肠吻合恢复时间，其实也不是一概而论，与病人的年龄、病情严重程度、手术操作情况有关。一 旦出现相关的并发症，比如出血、胆瘘、腹腔感染，可能需住院三周以上。