灌肠是治疗疾病的方法，主要是肛周疾病以及左半结肠疾病，如溃疡性结肠炎直肠型或左半结肠型，此类患者可能出现脓血便、排便不净、反复腹泻。此时在口服药基础上加用灌肠制剂，如美沙拉嗪灌肠制剂，可以较好控制临床症状，有助于左半结肠黏膜恢复。
但并非所有疾病均需灌肠，灌肠时有灌肠剂或用灌肠管，均通过肛门。如果操作不当，可能损伤直肠黏膜，甚至导致直肠溃疡。对于伴慢性便秘的患者，不建议频繁灌肠，应通过饮食结构改善，以及腹部按摩、增加运动甚至口服缓泻药治疗。如果大便过于干结，排便过程中不能排出，可 以偶尔进行一次灌肠。但长期灌肠可能引起肛门、直肠括约肌运动障碍，导致便秘进一步加重。