GIST即胃肠道间质瘤，临床表现多样，缺乏特异性，主要取决于肿瘤的大小、部位以及生长方式。在肿瘤较小时，多数患者可能没有任何症状，仅在体检时偶然发现腹部肿物而确诊。
随着肿瘤变大，患者可能会出现腹痛、腹胀、早饱的腹部不适症状，及腹部肿块、腹腔出血、消化道出血、贫血相关的乏力表现，其中消化道出血可表现为呕血、黑便、血便。尤其需要对黑便提高警惕，也有部分患者由于肿瘤破裂和消化道梗阻造成急性腹痛而就诊。肝转移和腹腔扩散转移是临床上胃肠道间质瘤最常见的恶性表现，淋巴结转移极为少见，肺转移和腹腔外转移仅见于晚期患者。当然这些症状并不是特异性，很多消化道疾病都可以有类似的症状，最重要的是在出现这些不适症状时及时就医，尽早确诊，尽早的进行治疗干预。
在首次就诊的胃肠道间质瘤患者中，有20%-50%的患者已经发展成晚 期，约有10%-47%的患者已经发生肝转移和腹腔或者是盆腔转移，这部分胃肠道间质瘤属于恶性，已经错过了最佳治疗时机。因此如出现了上述类似症状，应予以重视，尽快到正规医院就诊，以免延误病情。