通常急性肠炎为感染细菌和病毒，细菌性肠炎最常见。细菌中经常见到肠球菌、链球菌、伤寒菌。要根据感染细菌类型选用合适的抗生素，或经验性选用抗生素治疗。最常见的效果最好的是喹诺酮类如氟哌酸、左氧氟沙星、莫西沙星等。
除了抗生素以外，还要针对肠炎临床症状进行对症处理，因为丢失肠液比较多，所以要注意补充液体、补充电解质，防止发生低钠、低钾等。另外还要用止泻药物，如黄连素、蒙脱石散，如果发烧还要用退热药物。
用这些药物的同时，还可以加用益生菌如地衣芽孢杆菌、乳酸肠球菌等，能够帮助机体迅速建立正常菌群，让急性肠炎更加快速治愈。