HPV感染可以选择干扰素、抗HPV生物蛋白敷料以及红卡等药物来进行治疗，一般HPV感染选择药物之前要进行TCT检查，如果TCT出现了ASC-US以上病变或HPV16型感染、HPV18型感染或HPV持续阳性超过1年，应该先进行阴道镜下活检，通过阴道镜下活检了解是否存在宫颈病变。
如果有宫颈病变，特别是CINⅡ以上的情况，要首先治疗宫颈病变，使用药物常常是辅佐治疗。如果HPV感染没有造成宫颈病变，可以选择干扰素、抗HPV生物蛋白敷料以及红卡等药物治疗，也可以选择保妇康类的药物进行治疗。总之HPV感染在使用药物之前，必须要了解宫颈的情况。