如果甲胎蛋白(AFP)升高，达到200μg/L，患者既往又有慢性乙型肝炎或者丙型病毒性肝炎，影像学也提示有肝癌阳性表现，这时肝癌的可能性＞90%，基本上就可以诊断为肝癌。甲胎蛋白(AFP)跟肝癌有着密切关系，在临床诊断中甲胎蛋白(AFP)是重要的参考指标，除了甲胎蛋白(AFP)数值外，医生可能还会考虑患者是否有肝炎的背景，如既往有乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎，肝炎、肝硬化、肝癌是肝癌发生的三部曲。
医生可能要结合影像学表现，选择做增强CT或者增强磁共振，来明确肝脏肿块的情况，判断肝癌肿块的大小、多少，有无肝癌快进快出的表现。有些患者虽然甲胎蛋白(AFP)升高，但是并没有肝癌的典型表现，这时需要排除是否存在甲胎蛋白(AFP)升高的其他因素，如妊娠或者生殖系统疾病的患者也会导致甲胎蛋白(AFP)升高，需要进一步鉴别。