体表超声因为受气体干扰，对于深部器官获得的图像较差，比如胰腺因为有胃肠道气体干扰，体表B超观察图像质量差，所以通过超声内镜检查和穿刺治疗，可以获得组织学、细胞学标本，进行胰腺肿块确诊。胰腺肿瘤患者常规方法获得病理较困难，通过超声内镜的穿刺抽取，可以获得病理组织，外科医生取得病理组织能做下一步的治疗方案。
超声内镜是将超声和胃镜整合在一起的消化道检查技术，将微型超声探头安放在内镜顶端。内镜插入体腔，比如插入胃、肠道时，在内镜直接观察消化道黏膜的同时，可以利用内镜下的超声进行实时扫描，可以获得胃肠道的层次结构以及周围脏器情况的超声图像。对于常规取病理困难的部位，比如胰腺肿瘤、纵隔肿瘤等，可以在超声内镜介导下应用细针穿刺技术进行抽吸活检而明确诊断。