人体在感染病原体之后会在血液中产生抗体，抵抗病原体感染。同样感染衣原体后，也会产生特异性抗体。在感染的早期会产生IgM抗体，在中晚期会产生IgG抗体或感染恢复期，IgG抗体会持续存在。
如果发现肺炎衣原体感染IgM阳性，则说明感染仍然存在且为急性状态，需要进行治疗。因此临床上常针对肺炎衣原体感染，并检测到IgM阳性时，会进行有针对性治疗。通常治疗肺炎衣原体感染通常会使用大环内酯类药物，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素和克拉霉素等等。
此外，如果对红霉素不耐受，还可以选择呼吸喹诺酮类药物，如左氧氟沙星或莫西沙星等。肺炎衣原体特异性IgM抗体阳性，表明肺炎衣原体的活动性感染仍存在。