奥硝唑是治疗厌氧菌感染的抗生素，并不常规用于泌尿系统感染的治疗，两者覆盖的细菌范围不一样。泌尿系统感染，多数为革兰氏阴性杆菌引起，其中以大肠杆菌较为常见，奥硝唑对于常见的革兰氏阴性杆菌覆盖，或治疗效果并不理想。特殊情况时，若通过尿培养等方法，证实确实是由厌氧菌引起的泌尿系统感染，才会考虑应用奥硝唑等抗厌氧菌的药物。
普通泌尿系统感染，即革兰阴性杆菌引起的感染，一般是使用喹诺酮类或头孢类的抗生素治疗，如左氧氟沙星，或二代、三代头孢等，均能较为合适的覆盖到革兰氏阴性杆菌，因此作为泌尿系统感染治疗的常用药和首选药物。