复杂性肛瘘因肛瘘瘘口较多，窦道较多，手术应充分暴露内口，清除感染病灶和窦道组织。所以手术创面较大，深度较深，创面数量较多。复杂性肛瘘必须通过手术治疗完整切除，让新生组织生长才能治愈。
肛瘘手术需多少钱不是医院规定，还应看病人病情严重程度与复杂程度，病人具体情况、手术麻醉方式不同，费用随之也有变化。正规医院治疗此类疾病费用大概为数千元，具体每个医院级别不同，收费标准也不相同，手术费用大概在1000-6000元左右。
对于肛瘘的治疗费用，原因有很多，建议去正规医院咨询一下，根据自己的疾病情况，身体条件，地区级别的不同，还有选用手术和麻醉方案来综合评估费用。