幽门螺杆菌根除率下降的原因如下：
1、抗生素耐药率提高：以前用的甲硝唑、替硝唑、克拉霉素、左氧氟沙星这些药现在的耐药率都达到30%以上，给治疗带来一定的困难；
2、患者的依从性不佳：比如临床上给患者开阿莫西林，医生要求1.0g，2次/天，患者拿到药以后根据说明书去吃，说明书是0.5g，3次/天，这样剂量相差比较大，同时患者说是说明书上只能吃1周，会自行将疗程缩短，所以根除率也在下降；
3、方案不规范：患者不到消化科门诊，听信一些偏方，从而导致诊断的治疗根除率在下降。
刚开始发现幽门螺杆菌时，根除率还是比较高。但是现在随着用药的越来越广泛，抗生素应用的越来越多，耐药率逐渐在提高，根除率在下降，所以治疗方案可能就有7天变成10天甚至现在是14天，用药个数也由两联到三联到现在的四联用药，从临床医生的角度来反映幽门螺杆菌的根除率在下降。
所以如果第一次发现，同时我们再系统正规的治疗，有些患者通过1-2个疗程可以根除，如果根除不成功，可以进行细菌的培养或可以耐药基因的检测等等，争取将根除率再进行相应的提高。