肾结石患者实际无需使用特殊药物进行治疗，因为肾结石生长在肾内，并不会影响肾脏的功能。但是肾结石如果脱落到输尿管内，此时需要进行处理。但是在处理结石前需要判断结石的大小以及具体情况，部分结石可以使用药物治疗，而部分结石只能通过手术治疗。如果患者的结石较小，可以使用药物进行治疗，常用的西药是α受体阻滞剂，主要包括坦索罗辛、多沙唑嗪、特拉唑嗪等。通常可以扩张尿道，使结石能够更容易从输尿管排出。
另外还可以使用具有中成药性的药物，比如排石颗粒、肾石通等，这类药物具有溶石和利尿作用，能够使结石更易排出。但是如果患者的结石较大，掉落至输尿管内而无法排出，需要通过体外冲击波碎石或者输尿管镜碎石等手术治疗进行处理。