在治疗上，直肠黏膜脱垂需要根据患者情况选择不同的治疗方案。对于黏膜脱垂相对偏轻、症状不是很严重的患者，一般首选保守治疗。调整饮食、提肛训练，增加盆底肌的收缩功能，一部分患者可能得到一定程度的改善。
但是在保守治疗效果不佳的情况下，部分患者可能要选择手术治疗。对于手术治疗，由于直肠黏膜脱垂的特殊性，因此有很多种手术方式。
对于黏膜内脱垂，或者被称为直肠黏膜部分脱垂的患者，可以选择经肛门的微创手术方式，比如吻合器痔 上黏膜环切手术，将脱垂堆积的黏膜进行环行切除。切除以后，直肠黏膜脱垂的症状可以得到改善。
但是部分患者是重度直肠脱垂，可以经肛门脱出较长的直肠黏膜组织，严重影响患者的生活质量。这种情况可能需要选择切除部分肠段，或者做直肠的固定悬吊手术等。
不同的手术方式会有不同的并发症问题，所以直肠黏膜脱垂的手术方式没有固定的标准，需要根据患者的具体情况来具体决定。