肾结石患者需要做中段尿细菌培养，实际上是处于需要进行手术干预的时期。无论是经输尿管用输尿管镜做手术，还是经皮切口直接从腰上戳洞进到肾脏内部，这两种手术方式的前提均要求泌尿系无感染。泌尿系没有感染，表现为尿液内无白细胞，但尿液内没有白细胞并不代表无细菌，因为部分细菌会在泌尿系统定殖，但又不发病，因此需要做尿培养才能发现尿液内到底有无细菌，或者有无致病菌。
如果有致病菌，应通过输尿管镜做手术，输尿管镜进到肾盂之后需要灌液体，才能看清楚周围环境，但灌液体时压力高。如果尿液内有细菌，会随着压力增高 进入血液内部，称为菌血症，更严重时称为脓毒菌血症，一般较严重，所以肾结石手术之前必须常规做尿培养。