奥利司他胶囊的主要成分是奥利司他，主要会抑制胃肠道对脂肪的吸收。当摄入脂肪含量高的食物后，脂肪进入体内，在药物作用下不被分解就会被排出体外，所以最常见的副作用，比如会出现油性斑点、胃肠排气增多、脂肪泻等，也就是把脂肪排出体外。
这些都与奥利司他胶囊的药理作用相关，如果饮食中脂肪含量很高，发生这些不良反应的风险也越高。如果平时进食的都是低脂的食物，发生这些胃肠道不良反应的风险也就会随之降低。
除了胃肠道的排气增多、脂肪泻等不良反应，还有可能会出现水样便、胃肠道不适、牙龈不适等，最罕见的一种情况 是可能会出现肝功能损害，还有一些胰腺炎的报道。所以，如果身体出现比较严重的不良反应时，一定要立即去医院就诊。