结核性脑膜炎病程相对较为迁延，抗结核的治疗时间相对较长。临床上经常使用三联抗结核药进行抗结核治疗，三种药物包括异烟肼、利福平和吡嗪酰胺，通常吡嗪酰胺3个月就可以停药。耐药菌株可以加用链霉素和乙胺丁醇，对利福平不耐药的菌株，通常需要应用9个月。若属于耐药菌株，利福平的抗结核治疗疗程可以在18-24个月。
具体停药时间还需结合临床症状，看是否出现发烧、头疼、呕吐，以及腰穿脑脊液的结果，看细胞数和蛋白是否还高，进行综合判定。在服用抗结核药物过程中，需注意反复腰穿的检查，影像学也需定期复查。同时需注意抗结核药物的副作用，如肝、肾功能损伤。