卵巢囊肿是否消失和卵巢囊肿性质有关，与发病部位无关。对于生育期女性存在生理性囊肿，这种囊肿可以消失，但囊肿直径一般小于3cm，一般在三个月月经干净后3-7天进行复查，如果复查囊肿消失说明是生理性囊肿，如果囊肿较大或三个月后复查囊肿继续生长就属于病理性囊肿，一般不会自行消失，囊肿有发生破裂、扭转、感染，甚至恶变的可能，必须及时到正规医院妇科进行治疗。
所以临床上发现囊肿较小可定期复查，囊肿较大后必须去医院就诊，根据就诊结果必要时采取药物或手术治疗。一般临床上囊肿B超提示囊肿液性暗区可以定期复查，但盆腔彩超提示囊实性时，对于生育期女性较常见的是畸胎瘤，畸胎瘤容易发生蒂扭转，必须及时到正规医院妇科诊治。