儿童灌肠的好处比较直接，能够迅速地帮助儿童通便、排气，对于很多顽固性便秘的儿童，确实可以迅速地缓解症状。但是儿童灌肠也有很大的坏处，比如通常是用溶液灌到肠道来促进大便排出，很多儿童会觉得有点疼痛或不适。
另外长期地灌肠会让儿童很依赖于灌肠，导致正常情况下无法自己主动地排便。有些药物本身会伤害肠道黏膜，经常反复灌肠，对肠道黏膜包括肠道菌群、整个人体的内环境也不是很好。所以在临床上，大多数有便秘的儿童都是尽量口服给药，极特殊情况才采取灌肠治疗。
因此临床上对于便秘的儿童，还是要坚持能口服给药就口服给药，可以辨证地看具体便秘的原因，是由于乳食积滞引起，还是由于脾胃虚弱、气血两虚、阴虚火旺等原因引起。具体再可以根据儿童便秘不同的证型进行不同的给药，来达到缓解儿童便秘症状的情况。