卵圆孔未闭的手术治疗，主要是采用介入封堵手术治疗，操作时间通常在半小时到1小时左右，但对于部分患者有所不同。对于儿童，如果患儿无法配合操作，则可能需要全身麻醉，在气管插管下完成手术。因为需要麻醉的时间以及复苏的时间，所以手术所需时间较长，会多半小时到1小时不等。对于成人而言，患者可以配合，所以大部分患者可以在半小时到1小时完成手术。
部分患者卵圆孔未闭较小，甚至有的人可能只有2-3mm，但这类患者出现偏头痛，或出现反复脑梗，则需积极手术治疗。在手术过程中，因为卵圆孔未闭缺损较小，所以在穿刺、导丝过程中可能有一定难度，手术时间就可能偏长。