如果能够正确找到并切开内口，一般不会形成肛瘘。但是有时候找到的内口不一定是真正的内口，所以部分肛周脓肿仍然会变成肛瘘。
肛周脓肿绝大多数由于肛管腺体产生感染形成脓肿、肛门周围组织皮肤未发生破溃或者医生切排后所形成。肛周脓肿手术有两种类型，一种是一期切开内口引流，术后发展为肛瘘的情况较少；另一种是肛周脓肿单纯性引流。
对于浅表型、范围不大的脓肿，多采取一期脓肿切开术进行治疗；对于范围较广、深度较深的脓肿，既有肛管周围间隙感染，又有直肠周围间隙感染，多采取单纯性引流的方法进行治疗。在急性感染阶段不容易找到内口，因为肛腺发生感染后产生脓肿，最大的问题是内口堵塞，即感染性物质排不出去才会形成脓肿。