幽门螺杆菌在进行标准化治疗后，建议停药1个月，或超过1个月的时间再进行复查，复查方法首选碳-13呼气法和碳-14呼气法。如果停药时间不足1个月，幽门螺杆菌当中的尿素酶很难得到恢复，此时会出现假阴性的结果。
所以幽门螺杆菌进行根治后建议停药1个月，或更长时间进行复查。目前治疗幽门螺杆菌感染的方法主要是四联疗法，药物包括抑制胃酸的药物、两种抗生素及铋剂。
抑制胃酸的药物有质子泵抑制剂，而质子泵抑制剂代表性的药物是奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑等，在抗生素首选包括阿莫西林在内的方案。进行标准化四联疗法根治后，80%左右的患者可以获得根治，复查的时间在停药1个月以上。