目前卵巢肿瘤的具体发病原因尚不明确，有大概5%-10%的上皮来源性卵巢肿瘤，与遗传、家族有关，即与基因有关的基因突变。其他的卵巢肿瘤是发生于卵巢各层组织分化而来的肿瘤，不同的分化方式会形成不同的肿瘤。例如从上皮分化而来，就称为卵巢上皮性肿瘤，从性索间质分化而来，就称为性索间质肿瘤。
另外包括生殖细胞性肿瘤和其他类型，例如由特殊间质分化而来的肿瘤。还有部分卵巢肿瘤是转移造成，例如输卵管癌，转移来的卵巢恶性肿瘤。还有胃肠道肿瘤，出现一种特殊的转移，到卵巢形成卵巢肿瘤。由于卵巢肿瘤发生种类较多，源于卵巢的各层组织，会发生不同类型的肿瘤，所 以临床表现也各不相同，治疗以及预后区别也较大。