临床上将肾囊肿分为单纯性肾囊肿和遗传性肾囊肿以及获得性肾囊肿，具体治疗方式如下：
1、如果单纯性肾囊肿体积不大，直径小于5cm，可以暂时不用处理，定期进行观察就行，不需要进行手术治疗；
2、如果单纯性肾囊肿直径大于5cm或者产生压迫症状，压迫正常肾，甚至压迫周围脏器，可以通过做手术进行肾囊肿去顶术得到治愈，但不能保证肾囊肿做完手术不复发，复发率偏高；
3、如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾或者多囊肝，目前属于一种遗传疾病，没有太好的治疗办法，仅在肾囊肿体积比较大，然后压迫周围脏器时候，可以通过去顶减压，暂时缓解病情 发展，但通常无法进行治愈。
先天性肾囊肿鉴别诊断里比较重要疾病是囊性肾瘤，对于小孩囊性肾瘤，建议积极手术治疗，因为该疾病部分可以恶变，导致囊性肾母或者恶性囊性肾瘤，比较麻烦，治疗后还需要进行规范化疗或者其它相应治疗。