滴虫性阴道炎在临床治疗方案选择上需要全身应用甲硝唑药物，即口服甲硝唑片剂，再加上阴道局部应用甲硝唑栓剂，进行治疗。在治疗的同时，患者的性伴侣也需要同时进行治疗，因为滴虫性阴道炎是经过性传播，如果只是患者进行治疗，性伴不进行治疗，仍然不可能根治。
在治疗方案正规的情况下，性伴也同时治疗后，对于患者生活卫生、居住环境，也要进行彻底消毒。因为生活的环境里面如果还有滴虫，滴虫性阴道炎仍然会反复发作。滴虫较喜欢潮湿阴暗的环境，所以患者居住环境，一定要尽量保证干燥和清洁，同时患者也要保证局部的卫生，比如经常换勤洗内裤，要用纯棉、宽松透气的内裤，有利于避免滴虫性阴道炎的发生。