病毒性结膜炎一般为水样分泌物，而细菌性结膜炎一般为化脓样、较黏稠的分泌物。结膜作为透明的黏膜组织，下面为疏松结缔组织，称之为Tenon's囊，囊内有丰富的淋巴管及血管，受到病毒感染时可引起较强免疫反应，导致淋巴管充血水肿而引起淋巴回流障碍，出现水样分泌物。
病毒性结膜炎可导致耳前淋巴结肿大，并可伴发烧。结膜炎表现有异物感、疼痛、怕光、流泪的共性，但病毒性和细菌性结膜炎的分泌物完全不同，由于病原微生物不同，治疗上也有所不同。细菌性结膜炎需使用抗菌素眼药水，病毒性结膜炎使用抗病毒眼药水能达到临床治愈，一般不需要全身给药。