HLA-B27基因若为阴性，不可除外强直性脊柱炎。绝大多数患者为HLA-B27阳性，但阴性患者，若其它临床诊断标准或影像学标准符合，亦可诊断为强直性脊柱炎。判断是否为强直性脊柱炎，需根据以下表现而定：
1、临床表现：最突出为炎性腰背痛及其它外周关节受累，或眼炎、银屑病及肠道受累，还有少数患者可出现瓣膜病变或肾脏受累；
2、血清：HLA-B27为重要诊断标准之一，但若为阴性也无法除外强直性脊柱炎；
3、影像学：通过X线平片、CT检查可对强直性脊柱炎骶髂关节进行评估，现可选择核磁共振检查判断关节是否存在骨髓水肿、骨质破坏、关节间隙狭窄等。
诊断强直性脊柱炎需根据以上综合因素进行判断，仅凭HLA-B27阳性或阴性无法诊断或除外强直性脊柱炎。