目前临床采取的都是3.0T以下的磁共振，对人体几乎没有伤害。磁共振是将人体放置到强磁场内，通过脉冲激发刺激，让人体内氢质子受到激发运动，然后释放能量。磁共振和X线、CT不同，X线和CT有辐射，而磁共振没有辐射。现在用于科研的磁共振有7.0T的磁场，为高场强磁共振，目前无法明确人体在高磁场环境下的危害，尚未应用于临床。
磁共振机房为强磁场，多种物体不可带入机房，检查时医生、护士可能要求患者将发卡、眼镜、手机、银行卡、假牙、心脏起搏器等取出。如果患者存在植入到身体的金属异物，则此类患者不能做磁共振，尤其携带心脏起搏器的患者，进行核磁共振检查 可能导致心脏起搏器停止，影响心跳、危害生命。