在吃了抗幽门螺杆菌的药物以后出现腹泻症状，并不是正常的情况。清除幽门螺杆菌较常选择的方案是四联方案，即需要四种药物进行抗幽门螺杆菌治疗，而四种药物之间可能存在一定的影响。
针对不同的个体，不同药物的不良反应不尽相同。在服药过后，可能出现腹泻的不良反应。
由于抗幽门螺杆菌的四联方案里通常含有两种抗菌素，而服用抗菌素后则可能对肠道菌群造成一定的不利影响，甚至诱发腹泻。因此无论何种原因而引起的腹泻症状，皆属于异常情况。
如果腹泻程度并不严重，无需特殊处理。或者使用简单的药物，如蒙脱石散等，可以减少腹泻的次数 、降低腹泻的程度，同时尽快完成抗幽门螺杆菌治疗。
与抗幽门螺杆菌药物不良反应相关的腹泻症状通常并不严重，其大便次数不多，一般能够得到较好的控制。
而2周过后，抗幽门螺杆菌也停用了。如果是药物所引发的腹泻不良反应，停药以后就可以逐渐自行恢复。如果在吃抗幽门螺杆菌药物的同时，由于其他原因导致的腹泻，则需要具体分析其是不是由药物所引起，并针对病因进行判断。