神经官能症最常见的药物，主要包括抗抑郁焦虑、维生素类、改善睡眠的药物，另外也可以用中药，或中成药物，还有对症处理的药物，进行临床症状的改善。常见的谷维素、维生素类药物，如维生素B1、维生素B12和谷维素。常见的抗抑郁焦虑药物，如5-羟色胺受体拮抗剂、艾司西酞普兰、去甲肾上腺素、度洛西汀等。特异性5-羟色胺再摄取抑制剂，如米氮平，这个药初始使用时，可能部分患者比较难耐受，但一旦耐受后，可以改善食欲，对睡眠也有一定的帮助。
5-羟色胺受体的拮抗剂和再摄取的抑制剂，如曲唑酮，对睡眠也有明显的改善作用。患者合并睡眠不好，也可以运用佐匹克隆、右佐匹克隆、唑吡坦等药物。一些对症处理的药物，如心慌可以用心得安，可以采用对症处理的药物。因此神经官能症需要多种不同药物的综合治疗，单单用一种药物不能解决。