第二脚趾疼痛可由多种原因导致，具体包括以下几个方面：
1、外伤：脚位于下肢的末端，起支撑和运动功能，在活动时极容易受到外力的刺激，也可以由于重物的掉落砸击，引起第二脚趾的损伤，出现疼痛的临床表现，通常还会出现肿胀、畸形的表现，需要行X线、CT、核磁共振检查，进行判断，通常有明显的外伤史可以协助诊断；
2、神经受损：腰部发出神经根，组成坐骨神经，可以经过臀部、大腿后侧、小腿，到足分布，支配沿途的感觉和运动功能，当间盘突出刺激神经根时，也可出现第二脚趾疼痛的临床症状，需要行腰椎、CT、核磁共振、肌电图检查，从而明确诊断。当坐骨神经在外周走形受到刺激时，例如在腓骨小头处受到激惹，也可出现第二脚趾疼痛的临床症状，需要通过肌电图检查来明确诊断；
3、局部病变：当第二脚趾出现占位性改变时，也可出现疼痛的临床症状，需要行CT、核磁共振检查、病理学活检，从而明确诊断，并给予指导治疗。