旋毛虫幼虫在人体的最终寄生部位是双腿的小腿腓肠肌，旋毛虫包囊被人体吃进去之后，在肠道脱囊形成幼虫，通过肠壁在体内移行。
旋毛虫幼虫首先会在移行过程中经过肝脏，在肝脏形成一过性的占位性的或者是片状的炎性损伤。然后可能通过膈肌进入肺脏，引起肺炎的表现，以间质性肺炎、嗜酸性粒细胞增高为主，最后主要就是移行到双小腿的腓肠肌进行定居。
有的病人经常在做双腿骨关节X光片的时候，发现双小腿有钙化点，有可能是由旋毛虫定居在小腿所形成的钙化损伤。
还有一部分病人由于移行过程中的异位寄生，可能会形成旋毛虫性的脑炎，或者其他脏器的损伤。这个时候一般在移行的过程中机体会出现发热、相应脏器的炎症表现、血常规嗜酸性粒细胞增高。