C3肾小球肾炎较为少见，目前针对C3肾小球肾炎无特殊有效治疗手段，临床更多采用保守治疗手段，有时采取血浆置换、应用激素或免疫抑制剂以及生物制剂治疗等。保守治疗主要告诫患者低盐饮食，注意休息避免熬夜，应用血管紧张素转化酶抑制剂，例如马来酸依那普利、福辛普利类，或应用血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂，如缬沙坦，帮助肾脏改善血流，减少蛋白尿控制血压从而达到延缓肾功能不全的进展。
如果患者合并高脂血症需积极使用降脂药物帮助纠正血脂紊乱，预防动脉粥样硬化的发生。血浆置换用于C3治疗可以起到一定效果，但仅为针对重症患者，还可使用激素、免疫抑制剂治疗，对部分C3肾小球肾炎也可起到一定效果。理论上依库珠单抗可以用于治疗C3肾小球肾炎，但由于价格昂贵，因此在临床并未常规使用。