双歧杆菌三联和四联的区别，在于四联活菌增加一个活菌制剂，即蜡样芽孢杆菌。三联杆菌和四联杆菌都含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、屎肠球菌，只是四联又多了一种。但是药效方面差异并不是特别大，都属于益生菌，在肠道菌群失调的情况下，都能起到相对较好的作用。
比如老年人出现反复的腹泻，尤其是应用抗生素后出现，这时积极补充益生菌，对于缓解症状非常有帮助。但是这些益生菌在补充的过程中要注意，由于益生菌是活菌，不适合用过烫的水送服，这时会影响活菌的活性；应在冰箱里保存，在过热的地方益生菌本身可能会失活。
此外，由于益生菌是活菌制剂，不能直接与抗生素联合运用，应隔开几个小时。因为抗生素可以直接灭活这些细菌，使药物不能起到相应的作用。总体而言，双歧杆菌三联与四联的差距就是少一种益生菌，但是总体的疗效方面并没有显著差异。