慢性鼻窦炎药物治疗需要较长时间，经过规范治疗复发率不高。对于药物治疗效果不好的慢性鼻窦炎，特别是合并鼻息肉、鼻腔结构异常，比如鼻中隔偏曲比较严重情况下，需要考虑手术治疗。
目前鼻窦炎手术较好的方式是鼻内镜下手术，也称功能性鼻窦内窥镜手术。鼻窦炎治疗强调综合治疗，包括术前用药、手术和术后用药一系列措施，可以大大降低手术复发率，绝大部分患者可以治愈。但仍有部分患者在使用各种治疗方法后仍难以治愈，称为难治性鼻窦炎。这部分患者比率不超过10％，比如合并广泛鼻息肉，合并哮喘，合并鼻腔、鼻窦组织中嗜酸性粒细胞增多等，是鼻窦炎容易复发的高危因素。这种情况在手术前、手术后要强调综合治疗，是保证手术效果的有力手段，也是降低鼻窦炎复发率的保证。