肺炎支原体与衣原体均属于非典型病原体，支原体是介于细胞与病毒间的微生物，是能够在体外培养基中培养的最小病原微生物。衣原体是细胞内生长的微生物，无法独立生存，并且无法进行体外培养。
临床在支原体与衣原体的诊断过程中，主要通过抗体滴度的明显增高或应用PCR技术进行诊断，还可通过抗原检测确定支原体或衣原体感染的存在。
所以支原体与衣原体是两种不同的病原微生物，二者在临床表现上类似，感染存在较长的潜伏期，患者会出现明显的咽痛、耳部疼痛及干咳等症状，并且干咳症状可以持续较久。
治疗时均首选大环内酯类药物，若大环内酯类 药物效果较差，则可选择氟喹诺酮类药物，但青霉素对支原体与衣原体均无效果。