多囊通常不会引起卵巢囊肿，多囊就是B超的表现形式，有不同的意义。多囊可能是指多囊卵巢综合征，除了在B超上表现出卵巢有多个小的囊泡外，还有其他的临床症状，如月经稀发、不孕、多毛等，是内分泌失调的症候群。还有一种情况就是B超提示有多囊，实际上并不是多囊卵巢综合征，而是卵巢的多囊样表现。除了B超提示卵巢有多囊以外，并没有多囊卵巢综合征的其他表现，如没有月经失调、没有不孕等。
卵巢囊肿是新生的肿物，小的卵巢囊肿可能为生理性。在临床上，生理性卵巢囊肿常见的是黄体囊肿和滤泡囊肿，病理性卵巢囊肿就是卵巢的新生肿物。另外卵巢囊肿也可表现为多房性，即囊肿内部有分隔，表现为多种的形式，这种囊肿需要手术进行治疗。