腹腔镜手术是人工建立通道，不是完全无切口，因此也有疤痕。完全无疤痕的手术是经自然腔道的手术，比如经口、肛门、阴道的手术，在体表完全无疤痕。现在的腹腔镜手术是人工切口，模拟生理通道，比如腹壁上靠近肚脐或者靠近下腹部皮纹切口，进入腹腔时会破坏腹壁的连续性，因为切口很小，所以并发症很少，但是术后还是有疤痕。如果损伤到患者的神经、血管，可能有些并发症。
如果是比较复杂的腹腔镜手术，人工切口要做4-5个甚至更多。现在的腹腔镜手术多数在取出病理标本时需要辅助切口，虽然辅助切口一般在6cm以内 ，但是也有疤痕，手术后患者也可能因为疤痕而出现并发症。