角膜移植手术有风险。角膜移植手术包括全层移植，即穿透性角膜移植和板层移植。全层移植相当于在角膜上打个洞，然后用另外一个角膜补洞。板层移植是保留角膜后表面，将前表面的病灶去除。另外还有角膜内皮移植和角膜缘移植。
总体来说，角膜移植有一定的风险，首先是手术本身的风险，比如切开角膜暴露以后容易出现出血或继发其他的眼内病变。其次角膜移植手术可能存在排斥的风险，还有一些其他问题，比如原发病复发，病毒性角膜炎移植手术后可能会复发，手术以后还可能引起青光眼或其他一些移植相关的病变。
由于手术会对眼睛造成扰动，术后还需长期用药。因此角膜移植的患者术前和术后的护理非常重要。