输尿管镜手术是通过一个细的镜子，通过尿道逆行到膀胱以后，再从输尿管口上行到输尿管，找到结石位置，把结石用钬激光或气压弹道进行粉碎，然后取出体外或自行排出体外，手术没有手术切口，损伤较小。但它是腔道手术，因为肾脏相当于通道上的一个盲端，手术过程中会向输尿管里注水，冲开一定空间才能进行手术，这时会引起上尿路，即输尿管上段以及肾脏压力的增加，很多结石因为伴发有细菌，压力升高后，可能会造成细菌通过肾脏逆行到血管里，造成感染。如果逆行感染到血管，细菌入血会引起败血症，严重者会有脓毒性休克的表现，这时就需要警惕患者的体温以及血压 变化，尽量要加强抗炎治疗。
输尿管镜碎石过程中对黏膜会有一定损伤，可能手术后会出现血尿，通常血尿不需要特殊治疗，能够自行缓解。