霉菌性龟头炎可以使用克霉唑软膏、丁克软膏涂抹，克霉唑软膏对真菌、霉菌有明显治疗效果，丁克软膏对多种耐药霉菌有明显治疗效果。也可以使用达克宁软膏，涂抹1小时后需用清水冲洗干净，丁克软膏也需在1小时后用清水冲洗干净。
霉菌性龟头炎还可以用3%的硼酸洗液局部清洗，多数病人霉菌性龟头炎症状会彻底好转。霉菌性龟头炎还可以用派瑞松软膏(曲安奈德益康唑乳膏)局部涂抹，曲安奈德益康唑乳膏对多种霉菌有明显治疗效果。通过涂抹曲安奈德益康唑乳膏治疗，多数病人霉菌性龟头炎症状会明显好转。霉菌性龟头炎需消毒内裤，在治疗期间不能同房 。