肉蔻四神丸可以治疗结肠炎，该药主要治疗脾肾阳虚导致的鸡鸣泻或五更泻等，患者多在凌晨，天一亮时出现腹痛、肠鸣、腹部不适，需要上厕所，到厕所后会出现腹泻，泻完后腹痛、腹部不适、肠鸣等症状能够得到较好缓解。
此外，患者通常会有脾胃虚寒、肾阳不足的表现，如面色晄白、气短乏力，平常穿的比别人多，稍微受凉则会出现腹泻。而腹部会出现冷痛、喜暖喜按，在多穿衣服、多盖被子后，腹部不适的症状能够缓解。另外，患者还表现为腰酸乏力、舌淡、苔白、脉沉迟无力或者是脉沉细无力等，均属于脾肾阳虚的表现，对于此类患者则可应用肉蔻四神丸进行治疗。