检查胎儿畸形主要就是应用经腹部超声检查，因为检查胎儿畸形主要是在22-24孕周以及后面补充做胎儿畸形筛查32孕周，还有前面12-14孕周排查比较大的严重畸形。几次超声检查都是经腹壁超声检查，所以，胎儿畸形超声检查都用到经腹壁超声检查。
有时会用到经阴道超声检查补充经腹部超声检查，比如12-14周超声检查时发现可疑畸形。但因为胎儿没有大到腹部超声探头能够非常清晰显示的程度，此时会用经阴道超声试一试，可能阴道超声能够发现细小结构畸形。在妊娠中晚期，当怀疑子宫颈有病变时，也会用到经阴道超声检查。因为经阴道超声检查，能够更好的显示子 宫颈情况，排除有没有胎盘脐带挡住子宫颈内口的很危机情况。