新生儿支气管炎的原因主要是细菌感染。根据新生儿出生时间的长短不同，感染的病因也不同。
如果是早期的新生儿，比如10天以内的新生儿，感染支气管炎一般与分娩过程有关，此时感染主要的病因是母体带有细菌传染给新生儿，常见主要是大肠杆菌，比如大肠埃希菌、大肠杆菌，还有链球菌，是导致早期新生儿支气管炎的常见病因。
如果是新生儿在10-20天患有支气管炎，则可能与外界病原体入侵有关，常见的细菌是肺炎链球菌、流感嗜血杆菌，是新生儿支气管炎常见的病因。因此，根据出生后日龄的不同，感染的病因也不同。
支气管炎除细菌感染之外，还有其他常见病因，比如支原体、衣原体感染。若母亲有衣原体感染，也可以通过产道感染新生儿的支气管，从而导致支气管炎的发生。